Les mycoses sont généralement liées à des paramètres de maintenance incorrects. Plusieurs facteurs peuvent être en cause : la température de l'eau trop fraiche,  une  filtration pas assez puissante pour le volume d'eau, voire une absence de filtration, un écart trop important entre la température de l'eau et celle de l'air.
Elles attaquent la dossière et le plastron, formant des surfaces blanchâtres. A noter que les juvéniles peuvent être mycosées au niveau du cou et des pattes (le cas des ocadias par exemple est bien connu).
Il est important de corriger la maintenance en parallèle au protocole de soins sinon les problèmes réapparaitront tôt ou tard.
Sécher la tortue, appliquer tout d'abord de la bétadine pure.
Laisser sécher durant une bonne heure.
Appliquer ensuite un anti-mycosique (Imaveral, par exemple) et placer la tortue au sec plusieurs fois par jour durant une heure/deux heures, voire plus avec uvb. Ceci dans le cas de sujets faiblement atteints.
Si la tortue présente une mycose très étendue, il est préférable de consulter un vétérinaire qui, analysant le champignon en cause dans ce type de mycose, pourra affiner le traitement.
Le protocole de soin doit être suivi pendant environ 15 jours.